Στη διαδικασία κατανόησης – καταπολέμησης οποιουδήποτε ιού ένας βασικός παράγοντας είναι η γνώση ή η προσέγγιση της προέλευσής του. Πάνω σε αυτό υπάρχουν τρεις κύριες θεωρίες για την προέλευσή του SARS-CoV-2, των οποίων η διαφορά έγκειται στη χρονική στιγμή που δημιουργήθηκε, δηλαδή στη στιγμή που ένας προϋπάρχων ιός μεταλλάχθηκε.
Α) Η μετάλλαξη να έγινε πριν τη μετάδοσή του στον άνθρωπο, δηλαδή να μεταλλάχθηκε ένας ιός που παρασιτούσε στον οργανισμό ενός ζώου και στη συνέχεια να μεταδόθηκε στον άνθρωπο. Η θεωρία αυτή υποστηρίζεται από το γεγονός ότι το γονιδίωμα του SARS-CoV-2 μοιάζει σε μεγάλο βαθμό με το γονιδίωμα ενός ιού, ο οποίος προσβάλλει νυχτερίδες, καθώς και με αυτό ενός άλλου, που προσβάλλει το Manis javanica, ένα είδος παγκολίνου.

Β) Μία άλλη εκδοχή είναι να έγινε η μετάλλαξη αφού είχε μολυνθεί ήδη ένας άνθρωπος από τον ιό. Η θεωρία αυτή υποστηρίζει ότι ο ιός μεταδόθηκε από κάποιο ζώο στον άνθρωπο, και έπειτα από άνθρωπο σε άνθρωπο, χωρίς να γίνει αντιληπτός μέχρι να αποκτήσει το σύνολο των μεταλλάξεων, οι οποίες αναφέρθηκαν πιο πάνω, και έτσι να έχει τις προδιαγραφές για να προκαλέσει μία πανδημία. Ανάλυση του γενετικού υλικού του SARS-CoV-2 έχει δείξει πως όλες οι μορφές προέρχονται από έναν μόνο ιό. Η επιδημία στην Κίνα ξεκίνησε με τα πρώτα κρούσματα να εμφανίζονται Νοέμβριο με Δεκέμβριο του 2019. Επομένως, σε εκείνο το διάστημα αλλά και τους προηγούμενους μήνες κάποιος ιός, όπως για παράδειγμα ο ιός που βρέθηκε στο Manis javanica (Sunda Pangolin), άρχισε να μεταδίδεται από άνθρωπο σε άνθρωπο και σταδιακά απέκτησε το σύνολο των μεταλλάξεων που απαιτούνται, ώστε να πάρει τη μορφή του SARS-CoV-2.
Γ) Η τρίτη εκδοχή πιθανολογεί οι μεταλλάξεις να συνέβησαν σε ιό που χρησιμοποιούνταν σε εργαστήρια για ερευνητικούς σκοπούς. Πιο συγκεκριμένα στον κόσμο υπάρχουν διάφορα εργαστήρια επιπέδου βιοασφάλειας 2 (biosafety level 2) , στα οποία πραγματοποιείται επιστημονική βασική έρευνα και χρησιμοποιούνται κορονοϊοί SARS-CoV-like σε καλλιέργειες ανθρώπινων κυττάρων. Στο παρελθόν έχουν αναφερθεί περιστατικά, όπου λόγω ανθρώπινου λάθους τέτοιοι ιοί διέφυγαν. Σε μια αντίστοιχη περίπτωση θα μπορούσε να αποκτήσει τις απαραίτητες μεταλλάξεις και έπειτα να διαφύγει. Ωστόσο δεν υπάρχει κάποιος ιός καταγεγραμμένος, που να χρησιμοποιείται ερευνητικά, ο οποίος να έχει ικανοποιητική γενετική ομοιότητα με τον SARS-CoV-2. Επίσης, αρκετά στοιχεία της βιολογίας του SARS-CoV-2 μειώνουν πολύ την πιθανότητα η εκδοχή αυτή να είναι η πραγματική.
Τέλος, μία άλλη εκδοχή, την οποία όμως η συντριπτική πλειοψηφία της επιστημονικής κοινότητας έχει απορρίψει, είναι να πρόκειται για ιό ο οποίος κατασκευάστηκε σε εργαστήριο. Ενώ πράγματι υπάρχουν ανά τον κόσμο εργαστήρια στα οποία θα ήταν δυνατή η κατασκευή ενός τέτοιου ιού, φαίνεται πως δεν υπάρχει καταγεγραμμένος ιός του οποίου το γονιδίωμα να μοιάζει αρκετά με αυτό του SARS-CoV-2. Επιπλέον, ο ιός έχει συγκεκριμένα βιολογικά χαρακτηριστικά, τα οποία θα ήταν απίθανο να έχουν δημιουργηθεί σε εργαστήριο, καθώς η παρουσία τους προϋποθέτει τη δράση του ανθρώπινου ανοσοποιητικού συστήματος.